第二次电煤限价通知下发后，煤炭市场交易发生着一些新的变化，一些价格扭曲现象正因此而生。
一是煤炭交易价格进入隐秘状态，大都不敢报出真实价格。
一些煤炭生产企业的市场煤销售价格已经超过限价，特别是煤炭贸易企业的煤炭市场交易价格要是执行限价标准会出现大范围亏损，因此销售价格很少有执行限价标准的。据中国煤炭市场网市场调查发现，现在不少煤炭企业实际执行的煤炭价格根本就不上报，有不少重点交易地区的煤炭交易价格供求双方都不愿说出真实的交易价格。因此，无法对煤炭市场的供求情况作出科学的判断，从而给煤炭市场研究带来困难。
二是煤炭交易价格和市场脱节，不能真正反映真实的供求关系。
今年以来煤炭价格连连攀升，是煤炭供不应求在市场上的真实反映。最高限价不能真正反映煤炭市场的供求关系，这种煤炭交易价格，应该说是脱离市场实际的“政府价格”。
三是政府限价导致煤炭交易价格出现票面价格和票外价格、票面价格和实际价格存在较大差距。
电煤交易本来就存在重点合同的“计划价”和非重点合同的“市场价”之间的较大差距，现在，国家出台限价政策后，虽然重点煤炭生产企业重点合同的出矿煤价大都能够得到有效控制，但是，由于交易环节多，运输距离长，运输瓶颈影响等，煤炭企业，特别是煤炭贸易企业往往会按实际情况进行交易。这样，实际交易价格就要超过政府限价，为了避免由于价格高来自政府的经济处罚，煤炭供求企业在达成默契的情况下，就可能会按照政府限价的要求开出一张不违规的票面交易价格，再按照实际差额另开出一张和差额金额相当的交易的票外价格，出现票面交易价格和实际交易价格的较大差距。
四是煤炭资源稀缺，限价扭曲了市场供求关系，加剧了暗箱操作行为。
限价无疑掩盖了由于资源稀缺造成的价格上涨。本来在煤炭价格大幅度上涨的情况下，客户都在通过各种手段争抢煤炭资源，现在实行限价之后，煤价和市场可以接纳的价格就会存在更大的差距，这样，就会由于限价给下游的交易商或厂家带来实惠，争抢煤炭市场资源的程度会愈演愈烈。为了更多地占有市场资源，为了获取交易利润，下游客户就会使出浑身解数、不择手段地抢占有限的煤炭资源，买通滥用职权的单位和个人，进行暗箱操作，这样违规交易、扰乱市场、交易腐败的现象会大幅度增加，给市场交易带来更大的隐患，给保证电煤供应、实现宏观调控目标带来更大的难度。