中国交通运输部联合国家发展改革委1月制定下发的《港口收费计费办法》，自2016年3月1日起实施，有效期为五年，与此同时正式废止已实施10年以上的《港口收费规则》，此举标志着我国港口费收改革取得重大突破。
《办法》精简了港口收费项目和条款。大幅压减了港口收费项目，港口经营服务性收费项目从原来的45项减压到18项，将涉及港口收费的两件规章和9个规范性文件的近200多条规定合并精简到58条。积极推进了港口价格市场化改革，保留了3项政府定价，将6项政府定价调整为政府指导价，放开了市场竞争性服务收费，将港口作业包干费、堆存保管费、库场使用费等明确实行市场调节价。
《办法》还优化了收费管理模式，港口作业费按环节收费调整为按全过程收费，将35个作业或服务环节统一纳入港口作业包干费一并计收，同时，改变了计费方式，将国际客运、旅游船舶的包干费统一由运营企业支付，不再向旅客收取。
根据《经济日报》报道，通过“减项、并项、降费”，新版港口收费新规降低了航运企业和进出口企业的负担，预计每年减轻企业负担10亿元，改善了进出口服务环境，为水运事业发展、提升港口服务质量、促进外贸稳增长等进一步创造了有利条件。
目前，中国港口集装箱表现喜忧参半，以青岛港、宁波舟山港为代表的一批港口实现不同程度上涨，但上海港、大连港等呈现下滑态势。
据中国港口集装箱网最新统计，全国规模以上港口2016年1月份完成集装箱吞吐量1808.23万标箱，同比微增0.3%。受全球贸易疲弱、中国经济增速放缓影响，航运市场全线低迷，港口生产运行总体趋缓。
数据显示，1月份，沿海港口整体表现与去年同期持平，共完成1619.32万标箱，整体成绩喜忧参半，其中宁波舟山港、青岛港、厦门港和营口港实现不同程度上涨，青岛港以6.3%同比增幅位列第一；其余上海港、深圳港、广州港、天津港、大连港等港口增幅出现不同程度下浮。
由于中国港口腹地接近、货类相似、港口体量接近，同一区域内港口间竞争激烈。
业内人士预计，在微利时代，2016年港口整体吞吐量可能会呈现零增长，部分港口吞吐量将出现较大幅度下滑。