鼓励跨区域兼并
《意见》从提升航道通过能力、推进港口转型升级、加快调整航运结构、加强航运安全管理、形成绿色发展方式、完善管理体制机制、以及形成航运发展合理七个方面，部署了“十三五”乃至更长一个时期推进长江航运科学发展的主要工作，提出建成现代长江航运体系，有力支撑长江经济带发展。
在推进港口转型升级方面，《意见》提出，开展区域港口一体化改革试点，推进港口专业化和集约化发展，加强港口资源整合；鼓励大型港航企业以资本、技术、管理等为纽带，推进跨区域兼并、重组或联盟合作，加强港口间分工协作和运营联合，实现优势互补，形成上、中、下游港口良性互动发展新格局；加强港区规划与产业发展规划和城市总体规划的有效衔接，进一步发挥港口对城市发展的辐射带动作用。
在航运结构调整方面，《意见》提出，要推动航运企业规模化发展，支持航运企业兼并重组，促进港行企业与铁路、公路、航空运输企业深化合作，培育多式联运经营主体；要建设专业化船员队伍，加快航运中心建设，推进“互联网+航运”发展。
继续实施船型标准化，完善内河运输船舶标准船型指标体系动态调整机制，严禁新建不达标船舶进入市场，实现长江干线船型标准化率达85%以上。
未来，长江航道通过能力将得到大幅提升。《意见》提出，要修编《长江干线航道发展规划》，积极推进支线航道整治和梯级渠化，基本建成长江水系1.14万公里高等级航道。
港口资源整合提速
2015年以来，沿海港口资源整合大戏不断。宁波-舟山港合并，连云港港口群、东北港口整合也已经列入地方政府议程。
交通运输部部长杨传堂在大连港调研时表示，要加快推动东北港口转型升级，着力完善港口功能体系，积极发展以港口为枢纽的多式联运。
去年11月，交通运输部就提出要着力推进区域港口发展一体化进程，促进港口转型升级。优化港口资源整合，进一步研究政府推动型、战略带动型、市场驱动型三种资源整合方式。
此次《意见》出台后，港口区域整合很可能率先出现在内河的长江流域。推进区域港口一体化，加快港口资源整合仍将成为今年的一大看点，甚至可能出现跨区域港口兼并重组的情况。
上海国际航运研究中心港口研究室主任赵楠认为，国家正在推进长江黄金水道建设，长江中下游沿线分布了很多中小港口，未来应该进行整合形成规模。
券商研究报告认为，东北港口的继续整合是可期的。将东北六港（大连港、营口港、锦州港、丹东港、葫芦岛港以及盘锦港，其中大连港、营口港、锦州港是规模最大的三个港口，也都是上市公司）完全整合后，可以进行岸线资源的合理分配，港区之间合理分工，消除彼此恶性竞争，出清过剩产能，统一合理规划未来的产能扩张计划，这样能有效缓解这些港口经营效益下滑的趋势。