该《意见》部署了“十三五”乃至更长一个时期推进长江航运科学发展的主要工作，提出建成平安、畅通、高效、绿色的现代长江航运体系，有力支撑长江经济带发展。《意见》主要包括提升航道通过能力、推进港口转型升级、加快调整航运结构、加强航运安全管理、形成绿色发展方式、完善管理体制机制、以及形成航运发展合理等七方面内容。
其中，在推进港口转型升级方面，《意见》提出，开展区域港口一体化改革试点，推进港口专业化和集约化发展，加强港口资源整合;鼓励大型港行企业以资本、技术、管理等为纽带，推进跨区域兼并、重组或联盟合作，加强港口间分工协作和运营联合，实现优势互补，形成上、中、下游港口良性互动发展新格局;加强港区规划与产业发展规划和城市总体规划的有效衔接，进一步发挥港口对城市发展的辐射带动作用。
2015年，我国沿海港口资源整合大戏不断，今年或将来一段时间的港口区域整合，很可能会率先出现在内河的长江流域。据中港网资料，在2015年底的一个行业论坛上，交通运输部长江航务管理局安全总监黄克艰曾经透露，为更好地对接“一带一路”、长江经济带等国家战略，长航局正在积极推动成立长江港口集团。中港网分析师分析表示，在当前的市场环境和政策催化下，跨行政区域整合长江港口资源，减少内部无序竞争，实行港口一体化发展，或将推动整合设想逐步落地实施。
另外，在航运结构调整方面，《意见》提出，要继续实施船型标准化，完善内河运输船舶标准船型指标体系动态调整机制，严禁新建不达标船舶进入市场，实现长江干线船型标准化率达85%以上;推动航运企业规模化发展，支持航运企业兼并重组，促进港行企业与铁路、公路、航空运输企业深化合作，培育多式联运经营主体;要建设专业化船员队伍，加快航运中心建设，推进“互联网+航运”发展。
未来，长江航道通过能力将得到大幅提升。《意见》提出，要修编《长江干线航道发展规划》，合理确定干线航道标准尺度，实现长江干线航道高标准贯通;积极推进支线航道整治和梯级渠化，加快推进支线与干线航道紧密联通，推进支线高等级航道建设;加快航道养护配套设施设备建设，探索市场化航道养护能力和技术水平，基本建成长江水系1.14万公里高等级航道。
内河航运多头管理带来的体制性障碍，成为影响航运发展的重要因素。在完善管理体制机制方面，《意见》提出，要推进长江航运行政管理体制改革，推进长江航道局逐步实现政事企分开、长江海事局政事分开，理顺长江通信和长江引航管理体制;推动建立长江经济带交通运输发展部省联席会议制度，协调解决重大问题;整合航道、海事、通信等执法职能，建立长江航运综合执法体制;发挥长江航务管理局的统筹作用，加强党的建设。
《意见》同时提出，要深入推进简政放权，减轻企业负担，激发市场活力，构建统一开放、竞争有序的航运市场;完善法规标准体系，加大财政资金投入，确保政策落地。