在当日召开的“排污许可制度国际研讨会”上，王金南透露了环保部正在开展排污许可制度改革总体设计的详细内容，并介绍了设在环保部环境规划院的排放许可证与交易研究中心的主要任务。
王金南介绍，该研究中心主要为环保部提供全国排污许可证评估、排污许可证办法和条例立法、总量控制与减排、排污权有偿使用和排放交易制度技术支撑和研究；研究提出国家排污权交易中心方案，完成排污许可证顶层方案设计，同时编写水、大气污染物排放许可证发放技术指南和手册，开发排污许可证管理平台。
王金南介绍，在总体设计思路中，总体目标确定为：经过五至十年，将排污许可制度建设成为固定点源环境管理的核心制度，建立系统化管理机制，实现企业环境行为的一证式管理，促进清洁化生产技术的革新与应用，有效控制和减少污染物排放，防范环境风险，切实改善环境质量。
在具体目标中，到2017年，出台国家层面的排污许可证管理办法和出台排污许可条例，明确排污许可制度的适用对象、实施主体、实施程序、技术方法、执行规范、证后监管及问责机制。允许各省制定地方层面的管理办法或实施细则，推动排污许可制度在全国范围的实施。根据《大气十条》、《水十条》要求，实施范围上首先针对电力、钢铁、造纸、纺织、酿造等排放监测基础扎实的大型点源开展排污许可证发放工作，许可证限定的污染物类型可先以国家和地方重点控制指标为主。