5.5%的适用税率是云南省根据近年来全省煤炭企业缴纳“一税两费”（从量计征的煤炭资源税、煤炭矿产资源补偿费、煤炭价格调节基金）的负担率进行分析测算后，报经财政部、国家税务总局审批确定的。按5.5%的适用税率计征，煤炭企业总体税费负担降低，符合国务院确定的不增加煤炭企业总体负担的原则。
按照国务院关于实施煤炭资源税改革的要求，自2014年12月1日起，将煤炭矿产资源补偿费率降为零，停止征收煤炭价格调节基金。凡违反行政事业性收费和政府性基金审批管理规定，越权出台的收费基金项目要一律取消。属于重复设置、不能适应经济社会发展和财税体制改革要求的不合理收费，也应清理取消。对确需保留的收费项目，应报经省级政府批准后执行，并纳入涉企收费目录清单，向社会公布。对中央设立的收费基金，要严格按照相关政策规定执行，不得擅自扩大征收范围、提高征收标准或另行加收任何费用。今后除法律、行政法规和国务院规定外，任何地方、部门和单位均不得设立新的涉煤收费基金项目。
根据现行财政体制规定，煤炭资源税全部属于地方收入。改革后，按照保持改革前后财力基本稳定和维护地方既得利益的原则，省级财政暂不参与煤炭资源税收入的分享。