部分企业污染治理改造工程落后氮氧化物超标排放
检查发现，部分企业污染治理提标改造工程滞后，新标准执行不到位。如齐鲁石化热电厂两台锅炉、山东鲁维制药有限公司四台锅炉仍未建脱硝设施，氮氧化物超标排放。小锅炉综合整治工作滞后，全省尚未制定整治方案。陶瓷行业整治力度存在不足，如淄博市2013年11月下达文件全市建陶企业限期治理方案，要求全市的陶瓷企业2014年1月31日前完成整改，但该项工作进展缓慢，未按进度进行环保验收。
重金属污染防治存在不足电镀行业问题较为突出
重金属污染防治存在不足。其中，电镀行业问题较为突出。检查发现，莱州强信机密机械有限公司处理工艺为加碱沉淀处理后，废水外排进入开发区污水处理厂，镀铬、镀镍废水未做到分类处理。
2012年莱州市环境保护局要求企业在废水总排口安装一类污染物在线监测设施，而莱州日进机械有限公司未在废水总排口安装在线监控设施，电镀废水站未设置应急事故池;电镀车间排气筒高度为6米，未达到不低于15米的要求。
滨州鲁牛皮业有限公司COD超标一倍排放，而其公司在线监控设置在总排口，不能满足一类污染物车间排放标准要求。
烟台恒源生物有限公司售卖危险废物
2013年医药企业督查发现，山东省有306家医药制造企业，环保部门排查认定产生危险废物的企业仅87家，219家均不产生危险废物。有些地方环保部门未将部分企业的危险废物纳入环保管理。抽查发现，烟台恒源生物股份有限公司富马酸精馏残渣外售，未按危险废物进行处理。山东先声麦得津生物制药有限公司抗癌药生产企业，发酵产生的废培养基属危废名录中列入的危险废物，但在环评中被认定为一般固废。
沾化城北工业园污水处理厂超标排污十个月
检查发现，个别污水处理厂长期超标排污。沾化城北工业园污水处理厂自2013年11月以来，超标排放，COD平均排放浓度为160mg/L左右(标准60mg/L)，氨氮为30mg/L左右(标准10mg/L)。