一、我国现行税制在资源有效利用方面存在的问题
（一）整个税制结构缺乏对资源有效利用的支持
1.现行税制中缺少保护环境、促进资源有效利用的专门税种，相关优惠政策只散见于一些税种中如：增值税、营业税（运输业）、资源税、企业所得税、城市维护建设税等。这些优惠政策虽然对煤炭资源的有效利用起到了一定作用，但是由于缺乏对煤炭这种不可再生资源的专门研究，针对性不强，因此弱化了税收对煤炭资源有效利用的支持力度。
2.税率的设计和调整没有充分考虑对煤炭资源有效利用的程度，更没有把保护煤炭资源作为税率设计的原则之一。
（二）从单行税种来看，税种的要素设计不利于煤炭资源的有效利用
1.增值税。煤炭行业实行的是生产型增值税，税率为13%，不予抵扣固定资产所含的增值税。而煤炭企业外购资产中原材料所占的比重很小，固定资产所占的比重很大，因此，可计算抵扣的购进额仅占煤炭销售收入的20%左右，远远低于一般工业产品70%。左右的比重，导致煤炭开采企业税负较高，抑制了国有大型煤矿技术改造和设备更新的积极性。
2.营业税中交通运输业的抵扣。在煤炭销售收入中，运费所占的比例超过一半以上，同时有好多项目不能抵扣，抵扣范围只占到实际运费额的85%左右，现有的增值税运费抵扣率为7%，由此增加了煤炭企业的税收负担。
3企业所得税。现行企业所得税税法中没有专门针对资源行业的税收优惠政策，没有充分考虑资源行业劳动强度大、危险系数高等特点，在计税工资、固定资产折旧、固定资产投资减免等方面都没有专门的优惠政策，这不利于发挥税收促进煤炭企业扩大投资、提高设备技术水平等调节作用。
4.资源税。我国的税收体系对资源环境问题关注不够，资源税只是一个小税种，地位低，功能弱。一方面煤炭资源税税额低，幅度小，而且不能适应价格变化，缺乏动态调节机制；另一方面煤炭资源税缺乏对煤炭生产社会成本的补偿功能；最为重要的是煤炭资源税实行从量计征的方法，没有考虑不同煤矿的回采率，从而没有充分发挥促进资源有效利用的作用。
以山西省为例，
另外据有关资料统计，山西省国有重点煤矿现有平均回采率为50%，地方国有煤矿回采率为35%，乡镇煤矿回采率为15%，而煤炭资源税实行的是按量计征的办法，无法起到促进资源有效利用的作用。
5.城市维护建设税。现行城建税的计税依据为缴纳的流转税额，其作用还没有完全发挥出来，同时，城建税按照企业所在区域实行差别比例税率，市区（含县级市）为7‰县城、乡镇为5‰不在市区、县城或乡镇的为1%。煤矿所在地大多都在偏远山区，执行的税率也较低，因而无法起到保护资源的作用。
（三）现行的税收分成比例不利于煤炭资源的有效利用
煤炭企业缴纳的税收主要是增值税和所得税。1994年分税制改革以后，中央逐步提高了增值税和所得税的分成比例，煤炭企业的税收大多都上缴到中央，地方可用财力逐年下降，产生了以下不利因素：一是地方可用财力严重不足，许多县级财政只能维持工资发放，抽不出资金来改善采矿区日益恶化的环境：二是由于税收提成比例过小，许多地方采取收费的方式来弥补财政不足，导致不同程度存在乱收费现象；三是小煤窑是一些地方财政收费的主要对象，因而地方政府对关停小煤窑积极性不高，措施不得力。小煤窑的存在是对煤炭资源的一种掠夺性开采，不利于煤炭资源的综合有效利用。
（四）税收立法权过于集中不利于煤炭资源的有效利用
现在我国税收立法权高度集中在中央，税法调整需要很长时间，另外各地的具体情况千差万别，导致对经济发展中出现的新情况不能作出及时的反应。例如资源税，在煤炭价格大幅上涨的情况下，煤炭资源税却迟迟没有得到调整.调整后也存在调整不到位的情况。
二、促进煤炭资源有效利用的税收政策选择
（一）改革完善现有的税收制度，促进煤炭资源有效利用
1.增值税。
一是将煤炭增值税中央75%、地方25%的收入分成比例改为中央和地方各50%，为地方政府治理环境提供可用财力。煤炭开采给所在地区带来了大气污染、采空区沉陷、资源型城市转型等一系列问题，调整煤炭增值税中央和地方的财政收入分配比例，既可以直接增加地方可用财力，从而大大调动各级地方政府治理环境的积极性，同时可以减少乱收费现象的发生，有利于统筹区域协调发展，符合国家整体利益。
二是豁免历史欠税及滞纳金，将增值税转型试点的优惠政策落到实处。以山西省为例，山西省的陈欠税款有相当一部分是政策性因素造成的。1 994年税制改革时，煤炭行业由原来3%的产品税改征增值税，税负水平上升到9%左右，但是国家对煤炭价格特别是电煤价格一直实行计划管理，造成企业经营困难，形成大量欠税，长期以来，滞纳金金额已经超过了税款1倍以上，许多企业已是无力缴清。因此，应豁免2000年1 2月31日以前、截至2006年1 2月31日尚未清缴入库且符合相关规定的欠税。
2.企业所得税。
一是加大税前扣除金额，减轻税收负担。一方面要针对煤炭采掘业劳动强度大、危险系数高的特点，提高计税工资标准，建议应将计税工资标准提高到2 400元；另一方面由于煤炭采掘业事故隐患多、安全投入大，应鼓励企业加大安全投入，明确煤炭企业可以提取“安全基金”并可在税前全额列支；此外应当提高煤炭采掘业“维简费”和固定资产折旧标准，使企业能够改进设备，促进煤炭资源有效利用。
二是扩大煤炭行业投资抵免所得税范围。不仅对技术改造中使用国产设备允许抵扣企业所得税，而且对技术改造确需引进国外的具有国际尖端水平的进口设备，也应允许抵免企业所得税。
三是调整煤炭企业所得税分成比例，建议由现在的中央60%、地方40%调整为中央40%、地方60%，提高地方政府可用财力，从一定程度上减少乱收费、乱摊派现象的发生。
3.交通运输业营业税。煤炭销售价格中运费所占的比例在一半以上.现行的运费抵扣率仅为7%，而且有好多项目不能抵扣，大大增加了煤炭企业的负担，因此应将运费抵扣率恢复到原来的1 0%，并实现全口径的运费抵扣政策。
4.资源税。从调节级差收入、提高资源利用率的角度来看，改革和完善煤炭资源税是最好的途径。应按照国务院公布的《关于深化煤炭资源有偿使用制度改革试点实施方案》，建立与资源利用水平挂钩的浮动费率制度，根据不同采区回采率实行不同的费率，并实行累进费率。在此基础上，应着重在以下方面加以完善：
一是提高适用税额，增强资源税的补偿功能。建议现阶段应将煤炭资源税平均税额提高到5元／吨，煤炭行业费改税后，进一步提高到20元／吨。
二是调整计税依据，应将按销售数量或移送数量作为计税依据的政策调整为按实际产量征收或按年生产设计能力和上年实际产量核定定额，分月预征，年终汇算清缴。
三是适当下放税权。应将税额确定和调整权限，以及现行资源税条例规定以外的临时性减免税权下放到省人民政府，便于各地根据资源状况和资源市场价格变化情况，适时合理调整税额，充分发挥资源税调节作用和促进资源有效利用作用，增强地方政府调控地方经济，组织地方收入的积极性和主动性。
5.城市维护建设税。煤炭企业对当地的环境、道路损害都很大，因此建议对所有煤炭企业按照7%的税率征收城建税。
（二）建立煤炭行业特别税收体系
1.向煤炭企业开征资源附加利润税。资源附加利润税的税制设计，可参考土地增值税的办法，在扣除相关项目和社会平均利润后，以煤炭行业的超额利润为计税依据，实行累进税率。
2.尽快开征环境税，加大环保力度。按照国际通行的“污染者付费”原则，对环境污染者开征环境税。以在中国境内的企事业单位、个体经营者及城镇居民所排放的污染物为课税对象，根据对环境的影响程度设置不同的税种，根据对环境的危害大小实行差别税率，以遏制环境破坏、污染物的排放，促进资源的有效利用。应该遵循以下原则：一是坚持谁开发谁保护、谁污染谁付费、谁破坏谁补偿的原则，明确界定纳税主体；二是应根据环境质量价值的变化，按污染排放总量征收原则；三是根据环境破坏和环境污染程度确定适用税率，实行差别税率，发挥好环境税的特殊调节作用。
3.费改税，提高煤炭资源利用水平。现在煤炭行业的收费政策主要包括以下几个方面：煤炭可持续发展基金（2007年山西试点）、环境保护基金（山西试点）、煤炭生产补贴款、煤炭专项维简费、煤炭水资源补偿费、其他收费。这些收费政策虽起到一定的作用，但是暴露出来的弊端也十分严重。一是立法层次低，征收不规范，征收难度大，任意拖欠现象严重；二是征收成本过高；三是资金使用效率低。据调查统计，县营、村办和个体私营煤矿的其他收费在8元／吨～30元／吨左右.而且这些收费项目实际向企业返还用于技术改造和环境保护等方面的资金很少。因此，应该通过提高资源税税额的标准和开征环境税等措施，在不增加企业负担的基础上，逐步实现煤炭行业的费改税，提高向煤炭企业的返还比例，真正将资金用于技术改造更新和环境保护等方面，提高煤炭资源的有效利用水平