生物柴油无疑是当下中国最火热的词汇之一，因为国际油价虽有回跌现象，但油价将长期在高位运行却终是一个不争的事实。越来越多的投资者看到了这个产业，似乎它正在中国发展得如火如荼，而事实上我国的生物柴油企业数目正在锐减，不少均处于停滞或半停工状态，甚至有一些早已宣布倒闭。
我国的生物柴油产业无疑是能源产业里的新生儿，然而发展不久之后，也许国家将象叫停粮食乙醇一样对这个产业进行规范、约束和整合。我们知道，与其它如太阳能、水能、风能之类的可再生能源相比，只有生物质能才是经植物光合转化成的化学态能量，并且最适合于转化为液态燃料。而且，只有生物燃料可以与化石能源一样地生产塑料和化工原料等的物质性产品，这是任何其他能源都做不到的。但是，我国的生物柴油产业正苦于原料的缺乏和产业链的脱节濒临危险，并且也将面临产能的严重过剩问题。
这是因为，由于生物能源获利丰厚，大家一拥而上，市场秩序混乱。大量生物柴油公司纷纷上马，据有关部门统计，目前我国的生物柴油项目近百个，总设计能力超过300万吨。而实际上，根据我国可再生能源中长期发展规划，到2010年，全国生物柴油产量才达到20万吨。于是，生物柴油产业普遍存在开工率低，原料缺乏的主要问题。
目前，我国生物柴油原料主要为地沟油、猪大油、植物油或其它废弃油脂。但是这些原料的价格近年来上涨非常迅猛，以地沟油为例，最初根本无人问津，后来从每吨500元左右上涨到现在的近5000元/吨，这使得生物柴油的利润十分低廉。即便如此，由于地沟油回收管理不善，又苦于运输难题，厂家一般只能就地取材，这使得厂家愿意“薄利多销”也不得不苦于“巧妇难为无米之炊”。并且，地沟油也被运用于某些化工品的原料，由于用于化工利润更高，所以厂家常常是只好望“油”兴叹。
一般来说，一些投资者认为只要掌握了生物柴油技术，有合适的原料就可以开工建设了，而实际上生物柴油产业是一个系统工程，这个产业链至今还没有完全链起来。除了生产、加工，在政策、市场等诸多方面还存在严重的脱节问题。很多企业和投资者呼吁国家尽快出台生物柴油产业的相关政策和标准，但标准制定部门的与会专家却直言不讳地指出，如果真的出台生物柴油标准，95%的企业将垮掉，因为他们生产的柴油“只能用在拖拉机上”。
环球能源网认为，现在我国的生物柴油产业尤如患了伤害的新生儿，虽然病势凶险却并非无药可医。有关专家指出，我国急需政府牵头对生物柴油产业产、学、研以及跨行业协作进行组织协调，建立起完善的产业链，才有可能使这一新兴产业健康、快速发展。对于现在不少投资者盲目地进入这个产业，要进行规范。而生物柴油的运输，如果一直靠火车和卡车，则不但价格上难以下降，而且也难以大范围推广。